＊韓国ドラマあらすじ部＊

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馬医ペク・クァンヒョンの同僚カン・ダルホが出張先の島で倒れた。彼は呼吸障害だと医女カン・ジニョン（チニョン）が話していたのを思い出しながら、クァンヒョンは必死に鍼を打つ。おかげでカン馬医は命を取り留めるも、意識は戻らない。

首医に就任したコ・ジュマンは、賄賂や縁故採用を減らそうとするなど、三医司の改革に取り組み、顕宗も支持する。改革を防ぎたい内医院イ・ミョンファンたちは、カン馬医の家族にお金を与えてクァンヒョンを訴えさせ、クァンヒョンに棒叩きの刑を課した。カン・ジニョンは一晩中看病し、その後も見舞いに通う。ジニョンが両班だと知って戸惑うクァンヒョンに、「医女として接してほしい」と話す。やがてカン馬医が回復した。

コ・ジュマンのすすめで医生の試験を受けることにしたクァンヒョンだが、馬医出身の受験生への反発は大きい。ジニョンが受験勉強に付き合ってくれたおかげで、クァンヒョンは第一次の筆記試験を突破。二次の実技試験に励むクァンヒョンの鍼の腕前を見たジニョンと首医女チャン・インジュは驚愕する。

ジニョンがクァンヒョンと親しいと知ったイ・ミョンファンは、手下で捕盗庁勤務のカン・ジョンドゥにクァンヒョンを襲わせた。クァンヒョンは骨折した右腕の痛みに耐えながら二次試験に挑み、高い点数をもらえる上穴だけを狙い、見事に命中させた後で気絶した。過去を隠してきたイ・ミョンファンは、自分と同じ馬医出身のクァンヒョンが堂々と医官をめざすのが許せない。

恵民署の医生となったクァンヒョンは、動物を治療してきた経験しかないため、最初の実習のテーマである「問診」でつまずき、医女庁で基本を学べと教授クォン・ソクチョルから命じられた。クォン教授は、科挙に首席で合格して医学習読官に就任したイ・ソンハに取り入ろうとしてはねつけられる。その場にいたイ・ソンハの友人ソ・ドゥシクは後でクァンヒョンを自宅に呼び、妹を診察しろと命じた。

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宮殿の司僕寺から預かった献上馬が肺炎と気づいて都に薬材を買いに出かけたペク・クァンヒョンとチャボンは、酒場で客に絡まれていたスッキ公主とカン・ジニョン（チニョン）と知り合った。献上馬の症状が急に悪化し、司僕寺の馬医たちは牧場の馬医チュ・ギベに責任をなすりつける。クァンヒョンはチュ・ギベの解放を求め、犬が快復した経験を生かして馬を治療。司僕寺の馬医が薬に細工して妨害するも、内医院提調イ・ミョンファンが気づき、献上馬は快癒した。

クァンヒョンに飼い猫タリを治療してもらったスッキ公主が褒美を下賜し、王命を偽造して試験免除で司僕寺の馬医に任じた。チュ・ギベとチャボンはその褒美を元手に都で馬房を開業。馬医の名前が幼い頃に出会った少年と同じ「ペク・クァンヒョン」だと知ったジニョンは役所で確認するが、人違いとわかり落胆する。

恵民署の医女を志望したジニョンは、両班の娘には無理だと首医女チャン・インジュに拒まれ、見習い医女の試験に首席で合格して正攻法での配属を果たした。司僕寺の手伝いを命じられたジニョンの身分が両班とは知らないまま、クァンヒョンは距離を縮めていく。

利川で牛疫が発生し、人間にもうつったため、医官や馬医が召集された。感染速度の速さから痘瘡以外の病気を疑ったクァンヒョンは、何かの中毒ではないかと推測。恵民署提調コ・ジュマンもその可能性を認めた。だがクァンヒョンが村の環境を調べても手がかりは見つからず、クァンヒョンとコ・ジュマンが追及される。そこで左議政チョン・ソンジョは村を封鎖して薬材の供給を止め、功を立てさせるためイ・ミョンファンを派遣した。

川をさらっていたクァンヒョンは、商団が捨てたアワビと酢が混じって猛毒になったと主張し、イ・ミョンファンと意見が対立。高熱で倒れていたジニョンはみずから実験台になることを望み、治療の結果、中毒だと判明した。重臣たちはイ・ミョンファンの手柄だと報告するが、顕宗はコ・ジュマンを首医に任命。医療機関の不正を根絶したいコ・ジュマンは受諾した。

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馬医の息子から医官の養子になったイ・ミョンファン、名門両班の出身ながら医官を志すカン・ドジュン、鍼鬼の異名を持つ医女チャン・インジュ・・・。三人の若者が友情を育んでいた頃、昭顕世子の抹殺を望む仁祖のために、医官イ・ヒョンイクが市井の人々を実験台にしていた。実験から逃げ出した船頭ペク・ソックの妻の出産をカン・ドジュンが助け、夫人は女児を産むと他界する。世子を助けたいというカン・ドジュンの熱意に動かされたイ・ミョンファンは薬房を調べて毒を発見するも捕まり、命を脅されてカン・ドジュンを大逆罪で告発した。

カン家が一族もろとも処分された直後、カン・ドジュンの夫人の出産にチャン・インジュが立ち会い、男児を取り上げる。息子が生まれたら殺される運命だったが、カン・ドジュンに恩のあるペク・ソックが娘とすり替えた。夫人は出産のショックで亡くなり、クァンヒョンと名づけられた男児はペク・ソックの息子となり、女児は奴婢として楊州へ送られた。

12年後、仁祖の後を次男の孝宗が継ぎ、内医院の判官に出世したイ・ミョンファンが御医を務めていた。ある日、孝宗が兄の昭顕世子の死について再調査を命じ、関係者は真実を知るペク・ソックの行方に関心を寄せる。医官イ・ヒョンイクはイ・ミョンファンが世子に最後に鍼を打ったことを記した『治療日誌』を提出するが、イ・ミョンファンと手を結んでいた捜査担当の義禁府同知事チョン・ソンジョは公にしない。カン・ドジュンを名誉回復させて主人のいない名門カン家の財産を利用しようと企んだからだった。

ペク・ソックとヨナ島に暮らしていたクァンヒョンは、島に流刑されていたオ・ジャンバクと船に乗って都へ向かった。子供のスリ団を率いる少女ヨンダルと知り合い、イ・ミョンファンがイ・ヒョンイクに鍼を打って川へ捨てる現場を目撃。役所に通報するが逆に追われる身となり、都に出てきたペク・ソックが矢に射られて命を落とす。楊州の役所から逃げ出した奴婢でカン家の娘だと判明したヨンダルはジニョン（チニョン）と名づけられ、イ・ミョンファンがカン家の後見人となった。

傷を負ったクァンヒョンは牧場に運ばれ、サアム道人に命を救われた後、牧場の馬医チュ・ギベやチャボンと共に暮らし、みずからも馬医となった。医女チャン・インジュはカン家を本当に継ぐべき息子の行方を捜しまわっていた際、怪我をしたイ・ミョンファンの息子ソンハを応急処置する。その鍼さばきを目撃したジニョンは医学の道を志して清国へ留学し、帰国した。