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チェ尚宮は下働きのホンに高熱が出る薬を仕込んだアワビを食べさせておき、その後にホンにアヒルを食べさせ、アヒルの毒性を証明。チャングムを守りたいハン尚宮は、一人で企てたことだと嘘を自白する。チェ尚宮は二人の斬首を望むも、ミン・ジョンホの必死の交渉が実り、済州島へ送られることになった。しかしその道中、尋問で衰弱していたハン尚宮が息絶えてしまう。
済州島で官婢となったチャングムは、首医女チャンドクと出会う。無骨で尊大な態度だが、彼女の仕事ぶりは人々からあがめられていた。医女になるのが宮中に戻るたった一つの方法だと知ったチャングムは、チャンドクの弟子になって医術を学ぶ。かつて負傷した自分を救ってくれたのがチャングムだと知ったミン・ジョンホは、済州水軍の万戸として就任し、チャングムを見守る。
治療法を探しに済州島にやってきた医官チョン・ウンベクは、久しぶりに再会したチャングムが復讐を目的に医女になろうとしていると知って憤慨する。チャンドクはチャングムに理解を示し、「医術と復讐のどちらもかなえてほしい」と語った。
鍼の訓練に失敗して以来、チャングムは鍼を打てなくなっていた。そこへ倭寇が襲来し、病気の首領を治せと命令。島民の命を守るため、チャングムは思い切って鍼を打つ。同時にミン・ジョンホとひそかに連絡をとり、倭寇を捕らえるのに力を貸した。あるときハン尚宮が亡くなった山でチャングムがお墓をつくっていると、その山の地主だという両班の少年に出会い、少年の病気を治す。医女試験があることを少年の父親から聞いたチャングムは急いで都へ向かい、試験に臨む。
チャングムが済州島で過ごす間、宮殿では、チェ尚宮が最高尚宮に就任。チャングムの親友ヨンセンは中宗に見初められ、承恩尚宮となっていた。